Уничтожив магов, идите к офицеру, который стоит у рубки. Далее вам нужно бежать вслед за оставшимися в живых членами команды на нижнюю палубу, закрывая за собой двери, чтобы задержать преследующих вас монстров. Когда вы встретите второго матроса на нижней палубе, пройдите в дверь справа. В этом кубрике вы сможете сохранить игру, а также забрать дневник матроса, лежащий на кровати. После того как в коридоре взорвется труба, идите в левый угол и поверните там вентиль, чтобы перекрыть пар. Когда дойдете до капитанской каюты, спуститесь в машинное отделение и заберитесь в вентиляцию. По ней вы вылезете внутрь капитанского жилища. Забрав ключ и револьвер, идите в арсенал. Там вы пополните боезапас и подберете немного динамита. Далее возвращайтесь в машинный отсек, закройте крышку печи, а потом установите динамит к вентилятору во втором вентиляционном коробе.
Оказавшись в носовой части судна, подберите монтировку и выходите в столовую. Там поговорите с матросом, а потом отправляйтесь в грузовой отсек. Вход в него расположен рядом с матросским кубриком, в котором вы подобрали дневник. Открыть люк вам поможет монтировка. Забрав "сварочник", идите в моторный отсек.
От входа пройдите в левый дальний угол. Там закрутите вентиль и вернитесь к входной двери. Рядом с ней есть лестница - чтобы ее опустить, отстрелите навесной замок. По лестнице заберитесь на верхнюю площадку. С ее края спрыгивайте вниз к месту, где из трубы шел пар. Заварив поврежденную трубу, вернитесь к вентилю и откройте его. Далее идите к печи, справа от крышки есть второй вентиль, который тоже нужно открыть, чтобы запустить машину. После этого отправляйтесь в столовую.
Выходите из столовой через дверь, в которую проломились монстры, и выходите на палубу. Там вас ожидает "приятная" встреча с Дагоном. Чтобы его уничтожить, нужно стрелять по нему из носового орудия, когда Дагон появляется по курсу корабля. После каждого выстрела отбегайте в носовую часть судна, чтобы монстр чаще подставлялся под выстрел.

Риф Дьявола.

Пройдя по тропе, вьющейся между скал, вы выйдете к месту, где очень сильно дует ветер. Оттуда сначала идите прямо, на площадку, похожую на большую ладонь, где найдете диск. Далее идите по второй тропе. Перед деревянными настилами сверните влево. По боковому проходу доберетесь до небольшой пещерки. Заберите там блок, лежащий на камне, а потом вставьте диск в одну из фресок, чтобы открыть потайную дверь. Из сокровищницы заберите рычаг, после чего возвращайтесь на основную тропу. Когда спуститесь по каменным ступеням, сворачивайте вправо в низкий тоннель. По нему вы доберетесь до площадки, где можно сохраниться и нужно вставить рычаг в отверстие скалы. Нажав рычаг, бегите как можно быстрее дальше по тропе, чтобы успеть пройти через ловушку по появившемуся настилу.
Выйдя к мосту, используйте блок на веревку, чтобы прокатиться на "тарзанке". Когда окажетесь в небольшой пещере, в котором стоит неизвестный механизм, переведите с помощью книги Дагона надпись, потом вставьте брошку из белого золота в кнопку и активируйте машину.
Выходя из пещеры, обратите внимание на красный камешек в полу. Это указатель пути. Далее прыгайте на выступ и перебирайтесь на край моста. Оттуда следуйте за красными камнями и выйдете в пещеру, где стоит пустой постамент. Вложите в него красный камень, и вам откроется дверь. По открывшемуся коридору вы доберетесь до большой дыры, из которой выходит столб воздуха. Залезайте в нее.

Воздушные тоннели.

Сохранив игру в пещере, откуда видно, как подводная лодка пытается разрушить защитное поле, идите влево вдоль стены. После встречи Себастьяна Марша поднимайтесь по каменным ступеням и проходите в тоннель.
Оказавшись в камере, возьмите зубило и с его помощью поднимите решетку канализации. Когда выйдете в соседнюю камеру, заберитесь назад в канализацию и переждите там визит охранника. Далее выходите из камеры, сворачивайте вправо и двигайтесь, держась правой стены. По сути, вы должны сделать круг и выйти недалеко от своей камеры, но уже с другой стороны. Оттуда заберитесь через дыру в стене в канализацию и выбирайтесь по ней в коридор.
От площадки, где горит костер, двигайтесь влево-вверх до моста. Там сворачивайте вправо. Прокравшись мимо охранников, сверните влево перед входом в пещеру. По узкому тоннелю вы сможете незаметно оказаться возле запертой двери и оттуда прокрасться за спинами охраны в своеобразный подземный сад. Там подберите синий цветок, после чего продолжайте движение.
Выйдя в пещеру с водопадом, спуститесь вниз, двигаясь вдоль правой стены. Далее идите к водоему, образованному водопадом, и сверните вправо. По этой тропе вы доберетесь до кабинета Роберта Марша. Когда вы свалитесь к нему в гости, хватайте со стола нож и убейте монстра. Из чемодана, лежащего на столе, заберите ключ от лаборатории и книгу. После этого выходите из кабинета и в большом коридоре сверните вправо. Пройдя до конца, вы найдете винтовку и аптечку. Теперь вам нужно вернуться назад по коридору, выйти через запертую на засов дверь. Место вам уже знакомое, поэтому сворачивайте вправо и бегите вперед через мост.
Внутри лаборатории, заберите со стола записки о синих цветах, а также бутылку с гербицидом. Потом поговорите с подопытным мутантом, после чего пристрелите его, чтобы не мучался. Далее покиньте лабораторию через вторую дверь, спуститесь вниз внутри каменного столба и окажетесь в комнате надзирателей. Там заберите свои вещи и ведро с тюремной похлебкой. Выйдя из помещения, сворачивайте влево и идите к железной двери с кормушкой. Положите туда похлебку и синий цветок, закройте кормушку и идите в проход справа от двери. Открыв вторую дверь, вы окажетесь в камере с мертвым монстром. Заберите оттуда молоток. С этим инструментом отправляйтесь в хрустальную пещеру, мимо которой вы проходили, когда шли к водопаду. Слева от знака сохранения есть небольшой зеленый кристалл. Его можно вытащить, используя зубило и молоток. Далее вернитесь в комнату надзирателей, где вы забирали свои вещи. Оттуда поднимитесь наверх, у тоннеля ведущего к лаборатории, сверните влево к открытой камере. Внутри нее полейте растения гербицидом, после чего можно залезть по стеблям наверх. Оказавшись в полуразрушенном зале, вставьте кристалл в Y-образное отверстие, а потом активируйте портал с пульта.
Взяв плазмомет, идите влево по коридору, там через дверь и спускайтесь вниз, откуда вам нужно идти к водопаду. От него пройдите вправо в тоннель до кромки воды, где нужно воспользоваться плазмометом. Максимальным зарядом шарахните по воде, чтобы очистить путь от морских звезд. Далее нужно пройти по открывшемуся тоннелю и спуститься в большую пещеру. В ней нужно спуститься по каменным площадкам вниз и перейти по мосту на другую сторону, откуда поднимитесь наверх по серпантину. Подъем будет осложнен двумя огромными чудовищами, которых убить невозможно, можно лишь отгонять их выстрелами из плазмомета. Когда окажетесь на самой верхней площадке, поднимайтесь вверх по лианам в очередной тоннель. По нему вы выйдите к храму Гидры.

Пройдя внутрь, поднимитесь по лестнице мимо большого гонга. В главном зале убейте магов, а потом пройдите за статую Ктулху. На ее задней части есть рычаг, который нужно повернуть, чтобы пустить воду. После этого убейте появившихся монстров и спуститесь к гонгу. Максимальным зарядом стреляйте в гонг, потом возвращайтесь в зал, убейте монстров и вставайте в небольшую ванну в центре зала.
Переселившись в монстра, запрыгивайте к статуям, стоящим по кругу. На задней части каждой из них нужно нажать рычаг, чтобы пустить воду. Последовательность нажатий любая, единственное, что за одно перевоплощение не удастся включить все рычаги. Придется повторять процедуру превращения. Когда вся вода будет пущена, стреляйте максимальным зарядом из плазмомета в ванну, расположенную в центре зала.
Убив Гидру, заберите красный камень с подставки. С ним идите к закрытой двери и используйте диск, чтобы открыть проход. Далее вам придется быстро бежать, избегая падающих камней, мимо лаборатории, через поднявшуюся решетку (тут вы попали в ловушку) к порталу, из которого прибыл Себастьян Марш. Кстати, когда вы пересечете вторую решетку и выйдете на узенький мост, прижмитесь к левой стене, чтобы вас не придавило.